1920年3月,蕭友梅回到北京。他以其淵博的學(xué)識(shí)和早年的革命經(jīng)歷及同國(guó)內(nèi)政界高層人士的關(guān)系,要謀得一個(gè)薪位高的職務(wù)并不困難;但是他決定實(shí)現(xiàn)自己的理想,毅然選擇了開創(chuàng)音樂教育事業(yè)的艱苦道路。當(dāng)時(shí),音樂專業(yè)并不受重視,在高等學(xué)校里不過是附庸,有的與美術(shù)合在一起稱為圖音系,有的與體育合在一起稱為音體系,有的更是大雜燴稱為圖工操練。蕭友梅于1920年9月被聘為教育部編審員,兼任北京高等師范(北師大前身)附設(shè)實(shí)驗(yàn)小學(xué)主任。時(shí)任北京大學(xué)校長(zhǎng)的蔡元培很器重蕭友梅的為人和才能,蕭友梅也很贊同蔡元培“以美育代宗教”的主張,于是應(yīng)邀擔(dān)任了北京大學(xué)中國(guó)文學(xué)系音樂講師兼該校音樂研究會(huì)導(dǎo)師。

　　蕭友梅聲譽(yù)日隆,吸引住許多學(xué)生來學(xué)習(xí)音樂。他還建立了我國(guó)第一個(gè)管弦樂隊(duì)并親任指揮。這個(gè)樂隊(duì)的前身是清末民初海關(guān)稅務(wù)局的管弦樂隊(duì),一共只有17個(gè)人。樂隊(duì)雖小,但從1922年底到1927年將近五年的時(shí)間,卻開過四十余次音樂會(huì),演奏了海頓、莫扎特、貝多芬、舒伯特等音樂大師的作品,為北京群眾介紹了不少西方音樂藝術(shù)知識(shí)。

　　1920年9月,蕭友梅與楊仲子共同創(chuàng)辦了北京女子高等師范學(xué)校音樂體育專修科,后經(jīng)蕭建議分成兩個(gè)專科。1922年8月,經(jīng)蕭友梅提議,北大音樂研究會(huì)改組為北京大學(xué)附設(shè)音樂傳習(xí)所,“以養(yǎng)成樂學(xué)人才為宗旨,一面?zhèn)髁?xí)西洋音樂,一面保存中國(guó)古樂,發(fā)揚(yáng)而光大之”。傳習(xí)所由校長(zhǎng)蔡元培兼任所長(zhǎng),蕭友梅作教務(wù)主任負(fù)責(zé)實(shí)際工作。1926年,蕭友梅又兼任北京國(guó)立藝術(shù)專門學(xué)校的音樂系主任。蕭友梅十分重視由師生共同參與的、定期的音樂會(huì)。這些活動(dòng)不僅大大豐富了當(dāng)時(shí)北京的社會(huì)音樂活動(dòng),而且對(duì)中國(guó)新音樂文化的發(fā)展也具有深遠(yuǎn)的影響。

　　1927年6月,北洋軍閥的教育部以“有傷社會(huì)風(fēng)化”、“浪費(fèi)國(guó)家錢財(cái)”為由,下令停辦北京所有國(guó)立院校的音樂系科。蕭友梅苦心經(jīng)營(yíng)了五年的北大音樂傳習(xí)所也被迫解散。蕭友梅憤而辭職,隨蔡元培南下去尋求發(fā)展。

　　1927年10月,蔡元培就任南京政府大學(xué)院(后改為教育部)院長(zhǎng)。經(jīng)他力爭(zhēng),政府通過了蕭友梅提出的關(guān)于創(chuàng)辦國(guó)立音樂院的計(jì)劃。這個(gè)中國(guó)第一所正規(guī)的高等專業(yè)音樂教育機(jī)構(gòu)于同年秋在上海正式成立,并立即開始公開招生。蕭友梅最初任教務(wù)主任,主持日常行政工作,同年12月被任命為代理院長(zhǎng),1928年9月被正式任命為院長(zhǎng)。1929年,國(guó)立音樂院改名為“上海國(guó)立音樂專科學(xué)�！�,蕭友梅被任命為該校校長(zhǎng)。他按照自己的理想盡力推進(jìn)中國(guó)的現(xiàn)代專業(yè)音樂教育,經(jīng)過數(shù)年堅(jiān)持不懈的努力,終于使國(guó)立音專成為具有相當(dāng)規(guī)模和國(guó)際水準(zhǔn)的中國(guó)最高音樂學(xué)府,為中國(guó)培養(yǎng)出不少優(yōu)秀的音樂人才。這些人才中的大多數(shù)后來成為推動(dòng)中國(guó)音樂事業(yè)發(fā)展的骨干力量。

　　從20世紀(jì)20年代開始,直到1940年12月31日逝世于國(guó)立音專的校長(zhǎng)位置上,蕭友梅以他畢生的精力,為中國(guó)現(xiàn)代音樂教育的發(fā)展作出了重大的貢獻(xiàn)。他是中國(guó)現(xiàn)代音樂師范專業(yè)教育和音樂藝術(shù)專業(yè)教育的創(chuàng)始人。他把重視學(xué)校音樂教育、重視師資隊(duì)伍建設(shè)、重視音樂創(chuàng)作和重視音樂專業(yè)教育作為中國(guó)現(xiàn)代音樂教育發(fā)展與建設(shè)的核心工作。他不但撰寫了《古今中西音階概說》、《中國(guó)歷代音樂概略》、《最近一千年來西樂發(fā)展之顯著事實(shí)與我國(guó)舊樂不振之原因》、《復(fù)興國(guó)樂我見》等專著,還編著出版了《新學(xué)制唱歌教科書》、《新學(xué)制樂理教科書》、《新學(xué)制風(fēng)琴教科書》、《新學(xué)制鋼琴教科書》等教材。

　　作為一位作曲家,蕭友梅的大部分作品寫于20世紀(jì)20年代在北京工作期間。他的聲樂作品中有一定數(shù)量是他聯(lián)系當(dāng)時(shí)的社會(huì)現(xiàn)實(shí),提供給一般群眾演唱的。如曾經(jīng)作為北洋政府頒布的“中國(guó)國(guó)歌”《卿云歌》,以及《五四紀(jì)念愛國(guó)歌》、《華夏歌》、《民本歌》、《國(guó)民革命歌》等。這些歌曲表明了蕭友梅鮮明的愛國(guó)立場(chǎng)和民主思想。例如《五四紀(jì)念愛國(guó)歌》:

　　五四,五四,愛國(guó)的血和淚灑遍亞東大陸地,雄雞一鳴天下白,同聲擊賊賊膽悸,愛國(guó)俱同心。壯哉此日,壯哉五四!

　　五四,五四,自由的血和淚灑遍亞東大陸地,為民眾而爭(zhēng)正義,軍警刀槍都不顧,精神冠古今。壯哉此日,壯哉五四!

　　不過,縱觀蕭友梅一生的音樂創(chuàng)作,其重要的領(lǐng)域仍是學(xué)校歌曲創(chuàng)作。這些歌曲通過對(duì)學(xué)生生活的描述,向?qū)W生進(jìn)行思想道德教育和審美教育;有的也反映了對(duì)當(dāng)時(shí)軍閥統(tǒng)治下的中國(guó)社會(huì)現(xiàn)實(shí)的不滿以及對(duì)國(guó)家前途和命運(yùn)的憂慮。這方面的作品有《南飛之雁語》、《晚歌》、《植樹節(jié)》、《柏樹林回旋歌》等。它們都受到學(xué)生的熱烈歡迎。其中流傳最廣的,則是被公認(rèn)為優(yōu)秀作品的《問》:

　　你知道你是誰?你知道年華如水?你知道秋聲,添得幾分憔悴!垂垂!垂垂!你知道今日的江山,有多少凄惶的淚?你想想啊;對(duì),對(duì),對(duì)。