方曉琴1985年進修于中央音樂學院聲歌系,1989年進修于中央戲劇學院導演系。1978年調入中央歌劇院,主演了中國歌劇《劉胡蘭》《護花神》《山花燦爛》;外國歌劇《貨郎與小姐》《卡門》、美國音樂劇《異想天開》等。
她在中國歌劇《第一百個新娘》中飾演女主角阿依斯汗獲文化部優(yōu)秀青年演員獎。她曾在獲第七屆大眾電影百花獎影片《16號病房》和長影影片《蘭鯨緊急出動》中飾演重要角色田進軍和郝軍醫(yī)。
1991年起,在歌劇《馬可·波羅》《圖蘭朵》《卡門》中擔任助理導演和舞臺監(jiān)督。在《1995年文化部春節(jié)電視晚會》中任助理導演。在音樂廳歌劇《費加羅的婚禮》中擔任導演。
曾先后出訪過日本、香港、澳門、臺灣、芬蘭。